En el año 1802, es aprobado gracias al favorito del rey (y de la reina), Manuel Godoy, el cual con gran visión política, pensó en dar al viaje un nuevo giro. Badía obtendría información sobre los reinos norte-africanos con el fin de extender la presencia y el comercio de España por el Mediterráneo.
Aceptando su doble papel de viajero y espía, parte en 1803 hacia su gran aventura personal, llegando a Marruecos haciéndose pasar por un noble árabe. Allí pronto es agasajado por la élite del país, incluso el propio Sultán, gracias a sus amplios conocimientos de la ley coránica así como de las nuevas ciencias de los europeos. Por sus palabras, podemos saber como poco a poco su admiración y respeto hacia el mundo y cultura islámico iba en aumento, sin olvidar su doble misión. En sus contactos con los rebeldes al Sultán consiguió un gran acuerdo, que sin embargo no se llevó a cabo por la actitud en extremo bondadosa del monarca Carlos IV. Este no quiso apoyar a los opositores del régimen, debido al trato tan amable que el Sultán había dado a Badía.
Ojalá todos los monarcas hubieran tenido los mismos buenos sentimientos, sin embargo Napoleón no los tendría con España unos años más tarde.
Al cancelar el proyecto en Marruecos y por su propia seguridad, se trasladó hacia Trípoli, El Cairo, llegando incluso a La Meca, siendo el primer occidental en enviar información sobre la ciudad santa de Islam. Desde allí puso rumbo a Estambul, pasando por Gaza, Siria y la Turquía asiática, describiendo a su paso todo cuanto veía, o le parecía importante.
Sin embargo, allí es delatado por un sirviente y tiene que huir por la zona europea del Imperio Turco. Después de muchas penalidades consiguió llegar a Madrid en el año 1808, pero para su desgracia, la figura de Napoleón había llegado a España. Cuando Carlos IV le recibió ni siquiera se acordaba de él, y le recomendó que se pusiera a las órdenes del nuevo gobierno francés.
Así lo hizo, presentado el resultado se su viaje a las nuevas autoridades, las cuales supieron reconocer su valor estratégico y dando a Badía un puesto en la corte de José Bonaparte. Para su desgracia, esto le dio fama de afrancesado y la caída de José supuso también la suya, teniendo que exiliarse en Francia.
Badía, no era consciente de haber hecho nada malo, reclamando al nuevo rey español Fernando VII que le permitiera volver para ponerse a su servicio, pero le fue denegado el permiso. Con gran tristeza decidió publicar el relato de su viaje en Francia y en francés, en vista al nulo reconocimiento que le daban las autoridades españolas.
Su obra fue un éxito total, gracias al cual recobró parte del prestigio que nunca debió perder, fijándose en él el nuevo gobierno francés.
Su última aventura la vivió en la India, lugar al que fue destinado con fines similares a su anterior viaje, pero esta vez patrocinado por los vecinos galos, sin embargo murió de una rápida enfermedad, posiblemente envenenado por algún otro agente extranjero, en los inicios de la lucha europea por extenderse por todo el mundo conocido.
